A fővárosi átvétel után elhatározták a kert átépítését. Az épületek egy részét már akkor nagynevű építészek tervezték. A Főkapu és az Elefántház például Neuschlosz Kornél tervei alapján épült. A legtöbb állatházat azonban két - akkoriban még alig ismert, de később nagynevűvé lett építész - Kós Károly és Zrumeczky Dezső tervezte. Az újjáépített állatkert 1912. május 20-án tárta ki kapuit a nagyközönség előtt. Akkoriban a napisajtó úgy számolt be erről az eseményről, mint Európa egyik legmodernebb állatkertjének megnyitásáról. 1914-ben kitört az első világháború, és bár senki nem lőtte, vagy bombázta az állatkertet, a veszteségek mégis súlyosak voltak. Nagy gondot jelentett például a takarmányhiány, amely először azokat az állatokat sújtotta, amelyek speciális táplálékon éltek. A kert fókái például hamar elpusztultak, hiszen ezek az állatok tengeri halat igényeltek, amit azonban a háború miatt nem lehetett szerezni. Csupán egyetlen példányt sikerült hosszabb ideig életben tartani, oly módon, hogy sózott csukamájolajba mártott édesvízi hallal etették. A II. világháború során a vasút közelsége bizonyult tragikusnak, mert ez fontos stratégiai célpont volt. Mire a front átvonult Budapesten, az egykor gazdag állatkertből egy romhalmaz maradt, benne alig tizenöt állattal. A háború után lassan ugyan, de végül újjáépült a kert, ami ma az ország egyik leglátogatottabb kulturális közintézménye, 1-1,1 millió látogató keresi fel évente.